Vadovaujantis LR Aukštosios mokyklos veiklos vertinimo metodika, Studijų kokybės vertinimo centras yra atsakingas už Lietuvoje veikiančių universitetų ir kolegijų institucinį veiklos vertinimą. Būdamas Lietuvos aukštojo mokslo sistemos dalimi, EHU nėra išimtis, todėl taip pat dalyvauja šiame procese.
Per pirmąjį 2017 metų pusmetį buvo atlikta visapusiška Universiteto veiklos savianalizė, kurios pagrindu parengta veiklos ataskaita. Š.m. liepą ataskaita buvo pateikta tarptautinių ekspertų grupei, o spalio 11 d. – viešai pristatyta visai Universiteto bendruomenei.