EHU veiklą prižiūri Valdančioji taryba. Valdančioji taryba yra atsakinga už strateginį valdymą, finansus ir veiksmingą universiteto veiklą.
Nuo 2016 m. gruodžio 14 d. EHU Valdančiąją tarybą sudaro šie asmenys:
Pirmininkas p. Per Carlsen (Danija)
Buvęs Danijos ambasadorius Latvijoje
Pirmininko pavaduotoja p. Eva Srejber (Švedija)
Buvusi Europos investicinio banko viceprezidentė
akad. Anatoli Mikhailov, ex officio (Baltarusija)
Europos humanitarinio universiteto prezidentas
prof. Sergei Ignatov, ex officio (Bulgarija)
Europos humanitarinio universiteto rektorius
prof. Liudger Kuehnhardt (Vokietija)
Europos integracijos studijų centras, Bonos universitetas
prof. Michael Kennedy (JAV)
Sociologijos, tarptautinių ir viešųjų studijų profesorius, Brauno universitetas
p. Mindaugas Kačerauskis (Lietuva)
LR Užsienio reikalų ministerijos Vystomojo bendradarbiavimo departamento patarėjas
p. Artiom Anisimov (Baltarusija)
EHU absolventas, Noosphere Ventures