EHU Senatas yra universiteto akademinės savivaldos organas. Senato nariai yra visi universiteto dėstytojai, dirbantys darbo sutarties pagrindu mažiausiai 27 valandas per savaitę, penki studentų atstovai, akademinės dalies vadovas, akademinių departamentų ir Rektoriaus ofiso vadovai.
Senatas atsakingas už visos universiteto mokslo ir meno veiklos kokybę ir lygį, atliktų tyrimų rezultatų vertinimą, vidinį kokybės užtikrinimą, priėmimo į studijų programas tvarkos nustatymą, kvalifikacinius reikalavimus dėstytojų ir mokslo darbuotojų pozicijoms, profesoriaus emerito titulo suteikimo taisyklių nustatymą, kandidatų universiteto garbės vardui suteikti siūlymą, akademinės etikos kodekso ir dėstymo ir mokymosi reglamento, tvirtinamų Rektoriaus, rengimą.
Senatui vadovauja prof. Oleg Bresky. Jį pavaduoja doc. Galina Orlova.