EHU Senatas yra kolegijinis akademinis konsultacinis organas. Senato nariai yra 2 profesoriai, 2 docentai, 1 lektorius ir 1 asistentas nuo kiekvieno iš akademinių departamentų, akademinių departamentų vadovai, 3 studentų atstovai, akademinės dalies vadovas bei kanclerius. 2018/19 mokslo metais EHU Senatą sudaro 19 universiteto bendruomenės narių.

Senatas atsakingas už universiteto studijų, mokslo ir meno veiklos ekspertizę.

Senatui vadovauja prof. Aliaksandr Puptsau.