Europos humanitarinio universiteto (EHU) valdymo struktūra moderni, atitinka vakarietišką modelį.
EHU Tarptautinė valdančioji taryba yra atsakinga už universiteto strategiją, finansinius išteklius bei veiksmingą universiteto darbą. Universiteto akademinei bendruomenei atstovauja Senatas – savivaldos organas, atsakingas už mokymą ir mokslo tiriamąją veiklą.
Kasmetinis Visuotinis dalininkų susirinkimas suburia organizacijas, atkūrusias EHU Vilniuje.
Jau daugiau nei 15 metų universitetui vadovauja Rektorius Anatolijus Michailovas. Būdamas vienu iš EHU steigėjų, jis sukūrė alternatyvą iš Sovietų Sąjungos paveldėtai švietimo sistemai. Uždarius EHU Minske, profesorius A. Michailovas gyvena bei dirba Vilniuje.
Rektoriui talkina tarptautinė prorektorių komanda, koordinuojanti akademinių reikalų, administravimo ir infrastruktūros, plėtros ir tarptautinių ryšių sritis.
Universitetas vadovaujasi Statutu ir 2008–2013 m. strateginiu planu.
