Visai neseniai, 2009 m. vasarą, buvo baigtas Europos humanitarinio universiteto reorganizacijos procesas. Pagal 2008 m. spalį universiteto Tarptautinės valdančiosios tarybos patvirtintą Strateginį planą, Senatas susitelkė ties akademiniais reikalais, o universiteto Rektorius drauge su Tarptautine valdančiąja taryba ėmėsi vadovavimo bei finansinės kontrolės funkcijų. Taip pat išskirtos trys prorektorių atsakomybės sritys: akademinių reikalų, administracijos ir infrastruktūros bei plėtros ir tarptautinių ryšių.
